Eber Gölü’ndeki su kalitesi Su Kalitesi Kontrol Yönetmeliğine (SKKY) göre I-IV. sınıf arasında değişim göstermektedir. Eber Gölü’nün evsel, sanayi ve tarımsal etmenlerle kirlendiği tespit edilmiştir. Gerekli önlemler alınmazsa göl çok kısa sürede özelliğini kaybedecektir.
Su ürünleri çeşitliliği açısından oldukça zengin bir biyotop olan Eber Gölü, ekonomik yönden de yöre halkı için büyük öneme sahiptir. Sazan (Cyprinus carpio L.) ve turna balığı (Esox lucius L.) yöre balıkçılarının önemli geçim kaynağıdır.